بهداشت و پاکیزگی مساجد اقتضا دارد که در باره سرویس بهداشت آنها دقت و اهتمام لازم صورت گیرد تا آسیبی از این ناحیه، متوجه این اماکن عمومی دینی نشود، از این رو مستحب است وضوخانه و دستشویی بیرون از مسجد باشد، زیرا از رسول خدا (صلی الله علیه وآله وسلم) نقل شده است که فرمود: دست شویی ها را بر در مساجد قرار دهید، چرا که مصلحت رفت و آمد کنندگان در آن است و بوی آنها نمازگزاران را اذیت نمی کند و از احتمال سرایت نجاست به مسجد جلوگیری می شود و احترام مسجد و نظافت آن محفوظ می ماند.
 
پوشش لباس‌های پاکیزه برای ورود به مساجد، به عنوان یک تکلیف اسلامی جلوه دیگری از بهداشت مساجد و ارزش پاکیزه نگهداری آن برای مسلمانان است. یکی از پژوهشگران در این ارتباط می نویسد: زمین مسجد نباید مرطوب و ناراحت کننده باشد. برای تهویه، روشنایی، قطع آب مسجد، اگر ضرری متوجه مسلمان‌ها می شود، باید اقدام مقتضی به عمل آورد. برای آراستن ظاهر مسجد همین یک دستور قرآن کافی است تا به وضع آبرومندی در آید و یا بنی آدم خذوا زینتکم عند کل مسجد ؛ ای فرزندان آدم ! زینت های خود را هنگام استفاده از مساجد به کار گیرید. و در جای دیگر که دستور می دهد: وطهر بیتی  ؛ مسجد شهر نمونه مکه را که منسوب به خداست پاک و پاکیزه بدارید...
 
برابر روایات اسلامی که مورد توافق مذاهب اسلامی می باشد، ورود افراد غیر پاکیزه، همچون جنب، حائض و... به مساجد حرام است و حتی اگر شخصی در مسجد دچار یکی از این آلودگی ها شود، باید فورا مسجد را ترک نموده و خود را پاکیزه سازد. در باره فلسفه غسل جمعه و تأکید فراوان معصومان علیهم السلام علیهم السلام به انجام آن در صبح های جمعه هر هفته نیز موضوع بهداشت مساجد و رعایت بهداشت از سوی مسلمانان، به ویژه در مساجد، مورد توجه بوده است، چنانکه امام صادق علیه السلام در باره علت غسل روز جمعه فرمود:
 
طایفه انصار با شتران آبکش و اموال خود کار می کردند. هنگامی که روز جمعه فرا می رسید، به مسجد حاضر می شدند، مردم از بوی بدن آنان اذیت می شدند، رسول خدا (صلی الله علیه وآله وسلم) به آنها دستور داد که غسل کنند، از این رو سنت بر آن جاری شد.۱ یکی از اموری که در بهداشت مساجد تأثیر فراوان دارد تهیه فرش سالم و تمیز برای آنهاست. طبیعی است که مساجدی که فرش کافی نداشته و قسمتی از آن بدون فرش و خاکی باشد موجب آلودگی هوا و محیط و آسیب دیدن نظافت آن و مردم می شود. پیامبر اکرم در این باره می فرماید:
 
کسی که دوست دارد جای خود را در بهشت ببیند، مساجد را با گلیم مفروش کند و هر کس دوست دارد شاداب و با طراوت بماند، مساجد را فرش کند. خوابیدن در مساجد که از آن نهی شده است، نمی تواند بدون توجه به بهداشت و مسائل محیط زیست باشد. از جابر نقل شده است که گفت: در مسجد می خوابیدیم و علی همراه ما بود، رسول خدا (صلی الله علیه وآله وسلم) بر ما وارد شد و فرمود: «برخیزید و در مسجد نخوابید». برخاستیم تا از مسجد خارج شویم، پیامبر فرمود: «اما تو ای علی بخواب، زیرا خدای متعال برای تو حلال ساخته آنچه برای من حلال ساخته است...» (جامع الاخبار، ص ۷۰)
 
در روایتی دیگر آمده است: هر کس در مسجد بدون عذر بخوابد، خداوند او را به درد بی درمان مبتلا کند.( همان و محمدرضا عبدالامیر انصاری، مسجد و جوانان، ص ۳۸) همین طور توصیه های معصومان علیهم السلام مبنی بر شمشیر نکشیدن و اصلاح نکردن محاسن در مسجد و نهی از بلند نمودن صدا نیز در این راستا قابل تفسیر است.
 
رعایت نظافت در دیگر اماکن عمومی، همچون مشاهد مشرفه ائمه اطهار که نزد شیعیان حکم مسجد را دارد نیز تأکید شده است. این امر می تواند نگاه دیگر و اهتمام بیشتر به اماکن متبرک و عمومی را که میعاد زایران و خیل مشتاقان از نواحی و سرزمین های مختلف می باشد، نشان دهد.( شهید اول، الدروس الشرعیة، ج ۲، ص ۲۲)
 
بر خلاف آنچه در برخی رسانه‌ها و مطبوعات مطرح می شود یا به صورت تابلو امروزه به آگاهی عموم می رسد که این آب برای آشامیدن است در پاکیزگی آن بکوشید، سیره معصومان علیهم السلامه و نگرش آنان بر قداست و ارزش ذاتی مطلق آب استوار است و هنگام جنگ ها و مسافرت ها یا در مواقع اقامت در جایی تأکید می کردند که از آلوده نمودن آب، هر چند آب غیر آشامیدنی یا غیر قابل استفاده برای شست وشو، خودداری کنید. امیرالمؤمنین علی تأکید می کند که از آلودن آب خودداری کنید، زیرا آب هر چند غیر ضروری و غیر قابل استفاده تلقی شود، مصرف کنندگانی دارد و آلودن آب، آسیب رساندن به آنهاست که ما به چشم نمی بینیم. پیامبر اکرم در جریان حفظ محیط زیست و بهداشت محیط، حتی از ریختن آب دهن در آب که برای شرب است، نهی فرمود. امام صادق علیه السلام نیز از پیامبر نقل می کند کسی که مانع آب جاری شود و جلو جریان آن را سد کند، ملعون است. در روایات سایر معصومان علیهم السلام نیز از آلودن آب در همه حالات و نقاط و نیز از آلوده و کثیف نمودن حوالی آب و رودخانه ها نهی شده و از تخلیه در کنار رودخانه ها همانند آستانه مساجد، تقبیح و نهی شده است. امام سجاد علیه السلام در پاسخ کسی که از نقاط ممنوعه برای تخلیه سؤال میکند، می فرماید: «باید از کنار رودخانه ها و... خودداری کند».
 
منبع: محیط زیست و بهداشت، عبد المجید ناصری داوودی، مؤسسه بوستان کتاب، چاپ اول، قم، 1391